Para una gran población en equilibrio Hardy-Weinberg, ¿desaparecerán la mayoría de los alelos de baja frecuencia si no hay presión de selección para este codón?

Bajo HWE, como consecuencia de su definición, los alelos de baja frecuencia permanecen exactamente a la misma frecuencia.

El modelo estándar más allá de HWE es incorporar un tamaño de población finito y una mutación (modelo Mutation-Drift). Según ese modelo, depende de la fuerza de la mutación (que varía un poco, pero en su mayor parte está bastante fija en todos los genomas al mismo nivel de ploidía) y la deriva (depende del tamaño de la población).

Entonces, bajo la deriva, los alelos de baja frecuencia tienden a “desaparecer”, como usted describe. La razón es que cuando algo llega a cero (o uno), se queda en cero (o uno), mientras que a frecuencias intermedias seguirá una caminata aleatoria.

Los humanos tienen una alta frecuencia de “alelos menores” como lo llaman los genetistas, porque el tamaño de nuestra población (censo) se expandió rápidamente. Esta también es una firma de selección (pero en el caso de los humanos, generalmente no lo es).

El equilibrio de Hardy-Weinberg * supone * una población infinitamente grande. En ese sentido, su pregunta no está bien planteada: una población que es simplemente grande no puede estar en tal equilibrio, porque al ser finita está sujeta a efectos de selección y deriva.

En una población finita, los alelos neutros de baja frecuencia tienen la posibilidad de extinguirse, lo que tiene una relación inversa con su frecuencia. Creo que es una relación simple – probabilidad igual a (1 – frecuencia) – pero no estoy 100% seguro de eso. Sin embargo, el tiempo requerido para esto aumenta con el tamaño de la población.

No, no lo hará, ya que el principio de Hardy-Weinberg está influenciado por otros factores, como el apareamiento aleatorio, etc.
Aquí solo la selección natural no conducirá a la extracción de ese codón particular.

Los genes continuarán en la población con su baja frecuencia.
Si suponemos que toda la población podría reproducirse y que los genes no se seleccionan a favor o en contra.