Bajo HWE, como consecuencia de su definición, los alelos de baja frecuencia permanecen exactamente a la misma frecuencia.
El modelo estándar más allá de HWE es incorporar un tamaño de población finito y una mutación (modelo Mutation-Drift). Según ese modelo, depende de la fuerza de la mutación (que varía un poco, pero en su mayor parte está bastante fija en todos los genomas al mismo nivel de ploidía) y la deriva (depende del tamaño de la población).
Entonces, bajo la deriva, los alelos de baja frecuencia tienden a “desaparecer”, como usted describe. La razón es que cuando algo llega a cero (o uno), se queda en cero (o uno), mientras que a frecuencias intermedias seguirá una caminata aleatoria.
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Los humanos tienen una alta frecuencia de “alelos menores” como lo llaman los genetistas, porque el tamaño de nuestra población (censo) se expandió rápidamente. Esta también es una firma de selección (pero en el caso de los humanos, generalmente no lo es).