El pseudo-nudo es una estructura importante de ARN que ocurre en prácticamente todas las clases de ARN y ha demostrado ser importante en muchas funciones biológicas. Desafortunadamente, los programas utilizados para buscar bases de datos de secuencias grandes para estas estructuras de pseudo-nudos en su forma general parecen requerir tiempos de ejecución que son prohibitivos computacionalmente.
Las gramáticas ofrecen una forma natural y concisa de modelar secuencias de ADN, ARN y proteínas.
- ¿Cómo se decide qué gen es una mutación y qué gen es el estable?
- ¿La similitud del 98% en humanos y ADN de chimpancés prueba la evolución?
- ¿Las personas tienen 'huevos de Pascua' en su ADN, como superpoderes o habilidades curativas cuando se dice un cierto 'hechizo'?
- ¿Qué es la huella digital de ADN y cómo se usa?
- Si tomo una prueba de ADN ancestral y soy mujer, ¿puedo aprender algo del lado de mi padre o solo del lado de mi madre?
La principal contribución de este método es el desarrollo de un marco de análisis de estructura de ARN, TAGRNAInf. El marco es capaz de analizar estructuras de ARN, incluidos los pseudo-nudos. Actualmente aborda dos problemas de análisis de estructura de ARN: identificación de estructura y plegamiento de ARN, y se puede ampliar para abordar otros problemas como la clasificación estructural y la búsqueda de motivos.
El enfoque adaptado en esta solución es un enfoque de inferencia gramatical que tiene un algoritmo de aprendizaje para un modelo gramatical capaz de representar pseudo-nudos de ARN (gramáticas adyacentes de árbol para ARN, ARN TAG ) en el centro de su fase de aprendizaje.
Herramientas para el análisis gramatical del plegamiento de ARN: –
- RNACompress
- Stemloc-AMA: una herramienta bioinformática para la alineación de secuencias de nucleótidos múltiples | Genómica comparativa
- XRate
Si alguien conoce más herramientas, por favor comente aquí.
