Anne menciona que no tuvo una buena relación con su hermana. Esto fue lo que dijo al principio. En la mitad del diario apenas menciona a Margot, excepto en los casos en que le dicen que debe comportarse como su hermana y continúa expresando su disgusto por ella.
A mediados de 1944 en adelante, menciona que Margot no es tan mala como esperaba que fuera, sin embargo, no puede confiar en Margot porque no puede confiar en una persona que siempre está cerca de ella. Ella elige a Peter en su lugar. Y su cercanía con Peter la mantuvo un poco alejada de Margot cuando Margot dijo: “Tres personas no pueden hablar tan abiertamente como dos personas”.
Al principio, Margot no estaba cerca de Anne, ya que la última consideraba que la primera era arrogante, ya que la primera era mejor en lo académico y probablemente también en la apariencia en comparación con la segunda y la segunda se dio cuenta de esto.
A mediados del diario, Anne estaba ocupada descubriendo su propia identidad y superando su tensa relación con sus padres. También culpó a Margot en momentos de estar demasiado cerca de sus padres.
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Y al final, debido a que se interesa más por Peter, Anne descuida la posible amistad con Margot. Intercambiaban cartas y notas, pero no se llevaban tan bien como podían.