Los antiguos griegos llegaron por lógica. O las sustancias eran continuas (infinitamente divisibles) o eran discretas. La idea de discreción probablemente surgió del agua hirviendo. El vapor ocupaba una gran cantidad de espacio más, sin embargo, la misma cantidad estaba allí y podía condensarse de nuevo, por lo que pensaron que el mayor espacio surgía de las mismas cosas básicas que se movían y hacían más espacio. Calor, eran átomos en mayor movimiento. También había espacio entre los átomos, por lo tanto, si agregaba sal al agua, el volumen final no era la suma de los volúmenes iniciales.
El romano Lucrecio llevó esto más lejos, y decidió que el material era la forma en que los átomos estaban dispuestos y fijados juntos; en otras palabras, postuló moléculas y grandes. Por lo tanto, concluyó que las marcas en un gorrión estaban determinadas por la disposición de los átomos, y debido a que los gorriones de pared tienen las mismas marcas, pero estas diferían de las de un pinzón, entonces la naturaleza del animal estaba determinada por un “gorrión” o lo que sea acuerdo que fue transmitido por los padres. En resumen, esta era una teoría de la genética razonablemente precisa (por el momento).
El siguiente avance real rondaba el flogisto. Para que la teoría del flogisto funcionara, tenía que haber elementos que cedieran el flogisto al aire desloglogistizado (oxígeno) y formaran calces. A Lavoisier se le atribuye haber desestimado la teoría del flogisto (y al hacerlo, retrocedió bastante la química teórica; si se compara el flogisto con el electrón, la teoría era esencialmente correcta cuando se afirmaba correctamente), pero avanzó la química haciendo el equilibrio analítico, y mostrando que el mercurio y el oxígeno se conservaron al pasar de mercurio + oxígeno -> el óxido -> mercurio + oxígeno. El descubrimiento de que los compuestos químicos estaban en una proporción fija de elementos en peso significaba para John Dalton que tenía que haber elementos.
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Después de Dalton y Lavoisier, la mayoría de los químicos aceptaron la teoría atómica, incluso si los átomos no fueron probados por algún tiempo.