Los modelos biofísicos representarán los objetos moleculares en cuestión con una resolución lo suficientemente alta como para que se puedan usar simulaciones y mediciones basadas en la física para explicar la expresión génica. Esta alta resolución espacial y temporal es generalmente costosa en recursos experimentales y computacionales y, por lo tanto, generalmente se ocupa de sistemas relativamente pequeños, como un monómero de proteínas o un multímero pequeño o parche de membrana: está muy “ampliada” (piense en estructuras de cristales de proteínas, moleculares dinámica, acoplamiento, etc.).
La biología de sistemas trata de modelar toda la materia biológica y el procesamiento de la información de la célula a una escala mucho mayor, observando la salida general de todo el sistema, más “alejados”. A esta escala mayor, no puede permitirse una representación física detallada de la estructura molecular para simular cómo se comportará toda la red, por lo que modela genes y funciones genéticas mucho más como un diagrama de circuito (consulte KEGG, CytoScape, etc.), donde cada nodo podría ser una enzima o proteína caracterizada por relativamente pocos parámetros de cinética enzimática y carecer por completo de una representación y simulación detallada a escala molecular de sistemas celulares y componentes moleculares.
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