Los tres son conceptos hipotéticos que sirven para explicar algo sobre el universo.
La diferencia es que la materia oscura y la energía oscura se hipotetizaron después de que se hicieron observaciones del cosmos, para llenar el vacío de conocimiento y la disminución de lo que las observaciones mostraron a lo que la ciencia predijo.
El éter, por otro lado, fue hipotetizado no por algo que observamos, sino porque pensamos que solo tenía que haber un medio en el espacio para transmitir fuerzas electromagnéticas y gravitacionales.
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Es una distinción importante.
La teoría del éter no es muy científica en el sentido de que fue creada solo porque no podríamos entender cómo se podrían transmitir estas fuerzas de otra manera. Si bien la materia oscura y la energía se basan en observaciones y también se pueden usar para hacer predicciones comprobables.