El efecto más inmediato que imagino es que la luz ahora viaja a través de un medio con un índice de refracción (n) de ~ 1.33 en lugar de un índice de ~ 1.00 como sería el caso si su ranura y el plano de la imagen estuvieran en aire.
Físicamente, el tamaño de la ranura no cambiaría. La longitud de onda de la luz cambiaría si la proporción del índice del agua se acortara. La distancia nominal desde la ranura hasta el plano de imagen (donde se ve el patrón de difracción) también cambiaría, en términos de cuántas longitudes de onda de distancia está desde la ranura.
Si la ranura tiene k longitudes de onda de ancho en el aire, entonces será de ancho con la inmersión en agua. El efecto neto es que el patrón de difracción cambiará a lo que uno esperaría con una ranura más amplia, y se verá un poco más lejos, lo que tiende a sumar menos contraste entre las partes brillantes y oscuras. Más cualitativamente, esperaría que el efecto fuera el mismo que si realizara el experimento en el aire con una longitud de onda de 3/4 de la de la fuente de luz original, es decir, si la luz es de 600 nm en el aire, entonces los resultados de la inmersión en agua deberían parece hacerlo en el aire con una luz de 450 nm y la misma ranura y objetivo.
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Desde un punto de vista práctico, lo que he dicho se aplicaría a la luz visible y al agua pura. Probablemente habrá alguna atenuación de señal adicional en el agua, pero dejaré tales efectos a cualquier espectroscopista ansioso, ya que la esencia de la pregunta era sobre el patrón de difracción.