Yo recomendaría altamente Zotero [http://www.zotero.org/] para lo que está buscando. Me encontré con él (por desgracia) hacia el final de mi tesis doctoral, pero yo creo que sería una herramienta sumamente útil para alguien en la etapa de revisión de la literatura.
En pocas palabras, es un complemento de Firefox que extrae información bibliográfica de los sitios que visita, y funciona particularmente bien con la mayoría de las bases de datos académicas comunes, Google Scholar, Citeseer, etc., y también archivará los sitios web que visite por usted.
Otras características ingeniosas son que se integra bien con BibTeX y Nota, y por el látex de extensión y Word / OpenOffice. También se sincroniza a través de computadoras, y permite adjuntar archivos PDF a cada entrada. También exportará referencias en todos los formatos de uso común.
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No solo se limita a Firefox. Zotero también tiene una versión independiente shich puede utilizar en Chrome y Safari.
EDIT: También he oído a muchas personas alabar Mendeley [http://www.mendeley.com/] que creo que tiene un conjunto de características similares, pero como no he utilizado personalmente no puedo hacer más comentarios.