La secuenciación de nanoporos probablemente se considera la más emocionante. También es el más intuitivo en algunos aspectos: jale la cadena de ADN a través de un pequeño agujero e identifique las diferentes bases a medida que avanza. Esto fue discutido al menos ya en la década de 1990 por George Church y otros, pero se abandonó porque había obstáculos significativos en el camino. Sé que recientemente se interesó en él nuevamente, debido a tres avances, que parafrasearé a continuación:
- Se ha desarrollado un nuevo poro de proteína a través del cual el ADN puede adaptarse mejor.
- El mecanismo para extraer el ADN a través del poro se ha mejorado significativamente: las personas han utilizado con éxito la polimerasa Phi29 como un trinquete para mover el ADN.
- Ha habido avances en la pintura de bicapas lipídicas directamente en obleas de silicio.
Pido disculpas por la falta de referencias, ya que esto está parafraseado de Pete Estep.
En términos de comercialización, Oxford Nanopore anunció a principios de este año que su plataforma debería estar operativa y disponible pronto. También hay varios otros esfuerzos trabajando en la secuenciación de nanoporos, aunque no estoy seguro de cuánto las mejoras enumeradas anteriormente son significativas para ellos.
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Por separado, uno de los principales atractivos de la secuenciación de nanoporos es la posibilidad de longitudes de lectura extremadamente largas, lo que le permite obtener fácilmente información de haplotipos. Hacer esto ahora requiere “pirateos” donde se diluye el ADN para garantizar lecturas provenientes de cromosomas únicos. (Ver Lecturas completas de fragmentos largos de Genomics). Sin embargo, esto no es una panacea, ya que algunas aplicaciones de secuencia preferirían una gran cantidad de lecturas a lecturas muy largas. (En particular, las aplicaciones que intentan cuantificar cantidades relativas de diferentes moléculas de ADN, como la expresión génica o la secuenciación inmune).
