Hay muchas formas más rápidas y más eficientes para predecir las estructuras de proteínas. Una de las principales razones por las que DESRES se preocupa por el plegamiento de proteínas es que es una gran prueba de precisión del campo de fuerza. Los campos de fuerza se parametrizan en base a muchos cálculos cuánticos realizados en grupos químicos muy pequeños (enlaces amida, una molécula de agua que interactúa con un grupo carboxilato, etc.). Estos cálculos tienen muchas limitaciones (es decir, se realizan en fase gaseosa, pero la mayoría de la dinámica molecular estará en fase acuosa). Si puede parametrizar el campo de fuerza de esta manera y aún así obtener resultados correctos en una macroescala (es decir, plegamiento de proteínas), puede estar mucho más seguro de que otros resultados de simulación (es decir, posturas de unión de moléculas de fármacos, cambios conformacionales en proteínas grandes, dimerización, etc.) son precisos.
¿Qué avances reales ha logrado DE Shaw Research en el campo del plegamiento de proteínas?
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El trabajo de DE Shaw es una fuerza muy bruta, y es útil tanto para demostrar que es posible plegar una proteína usando una simulación como para probar otras teorías más simples.
Es una pieza crítica en el desarrollo de teorías avanzadas.
Por ejemplo, sus simulaciones a largo plazo han sido útiles para probar aspectos de validación de la teoría del plegamiento de proteínas de Freed.
Vi en una de sus presentaciones en India que sus simulaciones casi imitan las situaciones de la vida real … que son extremadamente largas … están tratando de comprender el plegamiento y la estabilidad de las proteínas. Lo más interesante es que están involucrados en el descubrimiento de fármacos al hacer un mejor algoritmo para estas simulaciones de gama alta.
Tecnología de proteínas Nandi basada en la Universidad Heriot Watt: acabamos de licenciar una tecnología para el control en línea del plegamiento de proteínas dentro de algunos conjugados de proteínas alimentarias http://www.nandiproteins.co.uk
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