¿Cuándo tendrán los humanos la tecnología para resistir una hipernova que ocurre en la atmósfera de la Tierra?

Nunca.

Una hipernova es un extremo de la explosión de una estrella, dejando atrás un agujero negro. Es probable que esta sea también la fuente de al menos un tipo de explosión de rayos gamma (es probable que la fusión de estrellas de neutrones sea otra).
Es poco probable que cualquier materia sólida pueda sobrevivir a ese punto en blanco (la pregunta se produce en la atmósfera terrestre). ¡Incluso si pudiera, ahora hay un agujero negro allí mismo! Probablemente sería más fácil mover la Tierra a otra estrella (sí, eso es absurdo, pero aún más fácil)
Ahora, seamos más realistas. Digamos que una hipernova explota a 2.000 años luz de distancia, apuntando perfectamente a la tierra. Teóricamente es posible protegerse contra los rayos gamma. Sin embargo, suponiendo que las leyes de la física actualmente se entiendan, no nos daremos cuenta de que vendrá, hasta que golpee, sin tener la oportunidad de reaccionar.
Si tuviéramos algo de tecnología de ciencia ficción para superar la velocidad de la luz y así ser advertidos de una hipernova inminente, probablemente también tendríamos la capacidad de evacuar (tendríamos una advertencia de 2,000 años).
Sin embargo, dado que tales tecnologías están más allá de la comprensión actual, no hay forma de estimar cuánto tiempo llevará desarrollarla.