¿Cuáles son las pruebas y contraargumentos sobre la hipótesis endosimbiótica del origen de las mitocondrias y los cloroplastos?

Ya no hay argumentos en contra. A partir de genes específicos, conocemos a los parientes más cercanos de las mitocondrias (bacterias parásitas intracelulares obligadas, incluidas Rickettsia y Wolbachia ) y cloroplastos (el clado principal de las cianobacterias). Sabemos que los genes de las mitocondrias y los cloroplastos terminan en el núcleo de la célula huésped, y que son genes diferentes en diferentes linajes de eucariotas. Sabemos que los cloroplastos fueron adquiridos por un solo clado (que comprende plantas verdes, algas rojas y glaucofitas), y que todos los demás linajes de eucariotas fotosintéticos obtuvieron cloroplastos al envolver originalmente a un miembro de este clado (y tienen membranas adicionales y en algunos casos núcleos vestigiales para soportarlo). Hay mucha más evidencia. La conclusión es que la endosimbiosis explica muchas cosas sobre los eucariotas, y si nos equivocamos sobre la endosimbiosis, todas esas observaciones son inexplicables.