Las estructuras vestigiales existen porque la pérdida adicional de la estructura no confiere beneficios reproductivos. Las características de un organismo ayudan directa o indirectamente al organismo a persistir para reproducirse. Cuando la característica le da al organismo una ventaja: vivir más tiempo siendo un cazador más puro, más rápido y evitando a un cazador, mejores dientes para masticar un tipo particular de alimento u órganos digestivos que ayudan a absorber nutrientes, esas características eventualmente se convierten en parte de fenotipo al ser fijado en el genotipo. Los organismos con las características viven y tienen más descendencia con esos rasgos que otros individuos sin los rasgos.
Los entornos cambian, por lo que la necesidad de adaptaciones particulares cambia. Como una estructura particular ya no confiere una ventaja al individuo, aquellos organismos con versiones más pequeñas de la estructura obtienen una ventaja. Sin embargo, en algún momento no hay más ventaja obtenida por la estructura que es más pequeña y, por lo tanto, ya no hay ningún impulso para eliminar completamente la estructura. Por lo tanto, tenemos un apéndice que solía ser importante en la digestión, pero ya no es una ventaja o un obstáculo.
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