La principal ventaja de cultivar es que tiene una alta concentración de una sola especie aislada en un ambiente cerrado y controlado. Esto le permite obtener:
– Un genoma de referencia de alta calidad se obtiene típicamente secuenciando ADN purificado de un microorganismo cultivado. Esto se debe a que necesita abundante material genético con mínima contaminación de otras especies. La metagenómica no requiere cultivo, pero dado que hay hasta miles de especies en una muestra metagenómica, se producirán secuencias quiméricas durante la etapa de ensamblaje. Además, dependiendo del experimento de secuenciación, el material genético de especies con recuentos bajos de población podría no secuenciarse adecuadamente.
– Información funcional como la respuesta del microrganismo a un antibiótico o químico. Estos experimentos generalmente requieren el ambiente controlado de una cultura. Parte de la información funcional se puede predecir a partir de la secuencia genética (si la obtiene de un experimento metagenómico), pero confirmar la función biológica de un gen es difícil sin un cultivo.
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– Bacterias transformadas, que también son beneficiosas para los estudios funcionales. La capacidad de introducir nuevos genes (como las proteínas fluorescentes para la visualización) y eliminar las existentes (para estudiar el efecto “knockout”) mejoró enormemente nuestra comprensión de la biología molecular.
