¿Cuáles son algunos algoritmos utilizados en bioinformática?

Existen muchas variantes de algoritmos en bioinformática para diferentes problemas, tales como:
– Algoritmo de Baum-Welch : utilizado para encontrar los parámetros desconocidos de un modelo oculto de Markov (HMM)
– BLAST ( B asic L ocal A lignment S earch T ool) – un algoritmo para comparar la información primaria de la secuencia biológica
– Algoritmo de Hirschberg – Un algoritmo de programación dinámica que encuentra la alineación de secuencia óptima entre dos cadenas
– Algoritmo por pares : se utiliza para comparar un perfil de proteínas
– Algoritmo de Ukkonen: algoritmo en línea para construir árboles de sufijos
– etc.
Aún así, los dos algoritmos más populares y usados ​​son:
– Algoritmo de Needleman-Wunsch y
– Algoritmo Smith-Waterman.
Dados dos ADN (o ARN, o proteínas), alta similitud significa función similar o estructura 3D similar. Para comparar la similitud de dos secuencias biológicas, se puede utilizar la alineación global: algoritmo Needleman-Wunsch ; o alineación local: algoritmo Smith-Waterman.