“Tener color” significa que reflejan o emiten luz en el espectro visible de algunas longitudes de onda preferenciales. Ahora, los protones y los neutrones son simplemente demasiado pequeños para interactuar significativamente con los fotones de longitud de onda visibles (y los neutrones no tienen carga además de eso), por lo que definitivamente no tienen color.
En cuanto a los átomos, bueno, los átomos absorben y emiten luz visible al hacer que sus electrones cambien los niveles de energía al absorber y emitir fotones. Por lo tanto, si proyecta luz blanca sobre un átomo, a veces absorberá un fotón de cierta longitud de onda y luego lo emitirá, generalmente en una dirección diferente, a medida que el electrón vuelve a su nivel de energía en el suelo. Además de que la luz visible también puede dispersarse en un átomo como un todo (dispersión de Rayleigh), la probabilidad de tal proceso depende también de la longitud de onda del fotón entrante. Por lo tanto, si te sientas y ves la luz dispersada por tu átomo, verás que algunas longitudes de onda se dispersan con más frecuencia que otras. Por lo tanto, en un sentido muy general, los átomos tienen color, pero es estirando un poco la idea del color.
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