En primer lugar, hay diferentes tipos de mutaciones. Tiene, por ejemplo, eliminaciones, inserciones, duplicaciones, desplazamiento de cuadros, etc.
Para comparar secuencias de ADN, las secuencias deben estar alineadas. La mayoría de las alineaciones se realizan mediante herramientas de software. Estas herramientas comparan las secuencias dadas y sus algoritmos buscan la superposición más alta con la menor cantidad de mutaciones necesarias (secuencias similares o idénticas pueden estar y en su mayoría están en una ubicación diferente causada por mutaciones de cambio de marco). Entre los resultados se encuentra la cantidad de mutaciones (mutaciones de cambio de marco, pero también otros tipos debido a partes no superpuestas). Los árboles filogenéticos visualizan las relaciones entre secuencias y la cantidad de mutaciones con una escala.
Árbol filogenético con escala de mutación.
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