Agregando a una muy buena explicación dada por Bruce Thomson
La estructura física de cualquier materia cambiará, solo algunas partículas se eliminarán de ellas sin ser reemplazadas. El flujo de electrones no significa que un átomo carecerá de electrones. Simplemente significa que la posición de un electrón se reemplaza por el siguiente electrón.
Imagine una línea de electrones como se muestra a continuación (Solo para explicación. El espacio real entre electrones nunca será así). 
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Cuando se crea una diferencia de potencial, los electrones en el terminal negativo empujarán el electrón antes que él y así sucesivamente. Mientras haya una diferencia de potencial, los electrones serán empujados hacia el terminal + ve, que es el flujo de electrones y la dirección opuesta indica el flujo de corriente.
Como puede ver, la posición de cada electrón será reemplazada por el electrón que lo empuja, por lo tanto, los átomos nunca estarán cortos de electrones simplemente reemplazados por otro electrón. De este modo, cualquier conductor nunca se agotará de electrones debido a la conducción de corriente.
PD:
Incluso a temperatura ambiente, los conductores tendrán electrones de valencia que se moverán en direcciones aleatorias con velocidades aleatorias sin ninguna diferencia de potencial a través del conductor. El flujo neto de electrones será cero, por lo que no hay corriente.
Una vez que se aplica el voltaje a través, el flujo de estos electrones de valencia se regula en una dirección particular, es decir, de -ve a + ve, con lo que tiene un flujo de corriente de + ve a -ve.
