¿Cómo supimos (a partir de la evidencia del ADN) que todas las especies descienden de un ancestro común si hay huecos en las cadenas de ADN de los fósiles que encontramos hoy?

El ADN en los fósiles no es relevante para el argumento. Es muy raro que los fósiles tengan ADN y, en los raros casos en que está presente, solo se encuentra en fósiles relativamente recientes como los neandertales.

La idea de que todos los seres vivos tienen un ancestro común se basa en consideraciones genéticas y funcionales. Los estudios sobre huesos fósiles fortalecen el argumento pero no son 100% esenciales.

Los seres vivos comparten diversos grados de similitud entre sí en términos de anatomía general, fisiología, bioquímica y ADN. El ADN en las personas y los simios es bastante similar y ambos grupos son similares, pero menos, a los monos y otros primates. Los primates, a su vez, son generalmente similares a todos los mamíferos. Otros mamíferos, a su vez, pertenecen a sus propias familias. Los caballos, por ejemplo, son similares a las cebras y los burros. Los perros son similares a los lobos, coyotes, chacales y zorros. Los mamíferos, a su vez, comparten muchos atributos con otros vertebrados. Las numerosas familias de invertebrados tienen menos similitudes anatómicas con los vertebrados, pero son reales e importantes. Por ejemplo, el tejido nervioso y los músculos funcionan de manera similar en todos los animales. Los animales casi no comparten atributos anatómicos con las plantas, pero ambos grupos tienen una anatomía celular generalmente similar, vías para el metabolismo oxidativo y otros rasgos.

Todos los seres vivos en este mundo tienen cierto grado de similitud con otros seres vivos y, por lo general, puede agrupar a cualquier ser vivo en familias. Una vez más, esta relación no tiene importancia si se observa el ADN, la anatomía, la fisiología o la bioquímica. Nadie ha encontrado nunca un organismo que parezca no estar relacionado con todos los demás organismos. Nadie ha encontrado una familia de organismos que parezca no estar relacionada con otras familias de organismos.

Incluso si ignoras por completo el ADN, este patrón es muy sorprendente. Obtiene el mismo resultado general si solo observa la anatomía de los vertebrados o incluso la anatomía de todos los animales. Los fósiles son relevantes aquí ya que los huesos se fosilizan más fácilmente que el ADN. Obtiene el mismo patrón general si observa las rutas bioquímicas (los mamíferos, por ejemplo, eliminan el nitrógeno a través de una ruta similar pero diferente de la utilizada por las aves).

Intente explorar este árbol de la vida para tener una idea de eso: Proyecto Web Árbol de la Vida

Este es el hecho más fundamental sobre la biología. ¿Cómo lo explicas?

Esto no es lo que esperarías ver si el Señor creara a todos los animales por separado, uno a la vez, en un intento de encontrar una pareja adecuada para Adán.

Este árbol de la vida tiene mucho sentido si se supone que todos los seres vivos tienen un antepasado común. Es completamente razonable suponer, por ejemplo, que los perros, lobos, coyotes, chacales y zorros comparten un ancestro común. No hay paso a lo largo del árbol de la vida donde esto parece imposible.

La ciencia siempre es provisional. Siempre funciona sobre la base de la mejor manera de dar cuenta de la evidencia disponible. Si puede identificar una mejor explicación para este patrón en la naturaleza, es posible que pueda revocar un consenso establecido. Pero, hasta ahora, nadie ha logrado hacerlo.

Debido a que el análisis del ADN moderno muestra similitudes entre especies, y usted puede rastrear qué tan lejos se dividieron entre sí enumerando estas diferencias, y con una anatomía comparativa de organismos fósiles, cuya edad se puede calcular con una precisión razonable.
Los fósiles en sí mismos no contienen ADN, porque las proteínas del ADN se descomponen bastante rápido con el tiempo, y los fósiles son efectivamente rocas, los materiales biológicos han sido reemplazados por minerales hace muchos eones.
Según tengo entendido, se encontraron algunos tejidos que contienen aminoácidos dentro del fósil de un hueso de pierna Tyrannosaurus Rex, pero eso está muy lejos del ADN.

El hecho de que casi todos los organismos tengan ADN para su código genético es evidencia de esto. Aparte de una pequeña fracción de organismos antiguos que usan ARN para su código genético, todo lo demás usa ADN. Permítanme enfatizar que nunca se ha encontrado un organismo vivo o fósil que no tuviera ADN (o, en casos raros, ARN) para su código genético.

Junto con esto, podemos observar que el ADN se vuelve menos complejo cuanto más atrás miras en el registro fósil, incluso con las lagunas. Directamente relacionado con el ADN está la complejidad de la célula, que sigue la misma tendencia que el ADN mismo.