Idealmente, no desea elegir un solo marcador. Desea muchos marcadores de loci en todo el genoma. ¿Por qué? Debido a la clasificación incompleta del linaje y al flujo de genes, los marcadores únicos no reflejan necesariamente la verdadera historia filogenética o demográfica de su población / especie. Cuantos más marcadores tenga, más probabilidades tendrá de recuperar la verdadera genealogía o los verdaderos parámetros de la historia demográfica. Es mucho más importante muestrear muchos loci, con un desequilibrio de ligamiento bajo, que muchos individuos. (~ 10-15 individuos por población generalmente serán suficientes).
Más allá de eso, necesitaría saber el propósito del estudio. ¿Estamos tratando de descubrir la variación a nivel de especie? Luego elegiría la región del espaciador transcrito interno (ITS) si solo pudiera elegir un marcador. ¿Por qué? Es lo más cercano que tenemos a un código de barras designado para hongos, y a menudo es sensible a la variación en niveles taxonómicos más bajos. Eso facilita la comparación con los datos existentes. Y probablemente sea bastante barato.
¿Estamos tratando de inferir la historia demográfica entre las poblaciones? Entonces estamos en la situación mencionada anteriormente donde realmente necesita muchos datos de alta calidad. Simplemente no servirá usar un solo lugar. Algunas técnicas como el genotipado por secuenciación o RADseq son buenas para descubrir muchos SNP anónimos en todo el genoma, por lo que podrían ser efectivos, especialmente para organismos no modelo. Para este tipo de métodos de locus anónimos, el costo marginal de cada locus adicional es muy bajo, por lo que puede concentrarse en obtener una muestra decente de cada población. Luego puede usar métodos basados en la fusión para estimar parámetros de la historia demográfica. (La precisión aumenta linealmente con el número de loci y con el registro del número de muestras).
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¿Estamos tratando de entender los genes que controlan la adaptación? Bueno, esa es una situación complicada, y necesitarías saber algo sobre las condiciones ambientales y los genes que afectan las respuestas de las morillas.
Descargo de responsabilidad: no soy ni biólogo de hongos ni ecólogo molecular.
