Todas las razas domésticas de plantas y animales se han obtenido mediante endogamia. La única forma de fijar los caracteres en las poblaciones de reproducción sexual para que se “reproduzcan de verdad”, es decir, que tengan fenotipos estables en las generaciones posteriores, es mediante la endogamia. Para ciertas plantas, y árboles frutales en particular, una forma de evitar esto es evitar la reproducción sexual a través de injertos, o mediante esquejes de enraizamiento de plantas existentes.
Las especies silvestres emblemáticas que se sabe que tienen niveles muy altos de endogamia son los peces cíclidos, que tienen una preferencia natural por los parientes, y un tipo de roedores llamado rata topo ciega, que viven en colonias matriarcales muy endogámicas. Otra circunstancia en la que se encuentran niveles muy altos de endogamia es cuando las poblaciones atraviesan cuellos de botella, por ejemplo, cuando algunas personas colonizan un nuevo territorio aislado, como una isla.
Sin embargo, la endogamia es un fenómeno completamente natural, ya que, como lo subrayó Sewal Wright, la mayoría de las poblaciones naturales, incluidos los humanos, son intrínsecamente muy estructuradas. En otras palabras, tienden a reproducirse preferentemente dentro de grupos que son mucho más pequeños que la población total compuesta por la especie completa. A este respecto, se puede decir que todas estas poblaciones estructuradas tienen un grado natural de endogamia en comparación con una población panmíctica, es decir, una población teórica donde todos los apareamientos ocurren completamente al azar.
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