Cómo secuenciar ADN de plantas en casa

En teoría sí.

La secuenciación extensa será costosa en casa.

Pero en teoría, puede realizar un estudio de parentesco simple en casa.

La extracción de ADN es realmente solo detergentes y alcoholes. Las centrífugas ayudan, pero no son técnicamente necesarias.

Puede usar una estufa y un termómetro para actuar como un baño de agua y ejecutar un PCR (así es como se hizo antes de que se inventaran los termocicladores, y los nuevos termocicladores son básicamente baños de agua con temperatura controlada).

Necesitará sintetizar oligonucelótidos, que es lo más importante que probablemente tendrá que buscar. Hay algunos ensayos bastante simples que puede hacer para relacionarse. RAPD y AFLP vienen a la mente.

Puedes hacer un gel de agarosa con bastante facilidad. Técnicamente, hay muchos materiales de cocina / hogar que podrían actuar como sustitutos de la agarosa (los primeros geles provienen del almidón).

Nunca he hecho esto, pero el punto es que un laboratorio genético estándar es realmente solo una cocina elegante.

Secuenciación de ADN | Thermo Fisher Scientific

Mire a través de este sitio y le dará el equipo y los reactivos necesarios para realizar la secuenciación completa del genoma. Eso es lo que quieres: secuenciación completa del genoma.

Ahora, analizar los resultados es otra cosa. Necesitará una computadora muy potente (más que una computadora de escritorio o portátil estándar) y un software especializado.

Sí, esto es completamente factible. Se requerirá una inversión limitada en equipos y reactivos.

Solo hay una plataforma de secuenciación significativa que está realmente al alcance de los experimentadores domésticos: Oxford Nanopore MinION. Eso te costará $ 1K por el kit de inicio; solo obtener la siguiente caja más barata te costará $ 50K. Siempre que tenga una computadora adecuada (USB3 y al menos 1T de unidad SSD), estará listo.

Terminarás comprando un montón de pipetas. Eso puede costar $ 500- $ 1000. También necesitarás algunas temperaturas controladas. Comprar bloques de calor en línea podría correr otros cientos; Si es hábil con la electrónica, debería ser posible armar uno usted mismo.

La extracción de ADN puede requerir una centrífuga, pero no una particularmente buena. Existe un esquema para imprimir en 3D un dispositivo que se inserta en una herramienta rotativa o taladro (“Dremel Fuge”).

Una celda de flujo MinION no será suficiente para ensamblar el genoma de una planta, pero puedes obtener mucha secuencia (algo ruidosa) para divertirte. Un grupo acaba de secuenciar un cultivar de tomate (aproximadamente 1Gb de genoma) usando este sistema. Las fresas, una de las favoritas para aislamientos de ADN en la escuela primaria, en realidad tienen genomas haploides relativamente pequeños (aunque muchas razas comerciales tienen ploidías muy altas, como decaploides), y podrían ser una buena oportunidad. Arabidopsis tiene un genoma muy pequeño para una planta y podría ser el más fácil.

¡¡¡Buena suerte!!!

Respuesta corta

No puedo hacer eso

Respuesta larga

Es un no para el tipo promedio que lee esto. Pero si realmente quieres hacer eso correctamente (y no solo jugar en la cocina) y tienes alrededor de $ 100K solo para un pasatiempo de fin de semana y eso no te perjudica económicamente, entonces adelante, es factible. Si eres ese tipo de hombre, deja un hombre de respuesta, realmente me gustaría tener un amigo para la secuencia de ADN con

Si está dispuesto a comprar ~ $ 100K equipos, entonces sí. Solo se está volviendo más barato debido a la escala, no para un experimento de una sola vez.