Hay tres cosas principales que se me ocurren de manera informal que alterarán el color del agua:
1) Profundidad del agua, que es probablemente lo que estás viendo aquí. En el lado caribeño hay una meseta, por lo que la luz del sol penetra en la columna de agua y se refleja en la arena blanca del fondo. En el lado atlántico hay una fuerte caída, por lo que el color azul oscuro se debe únicamente a la dispersión y reemisión de fotones dentro de la columna de agua. A continuación se puede ver un mapa de batimetría oceánica, con colores más fríos que denotan aguas más profundas. 
2) Turbidez, o la cantidad de sedimento suspendido en la columna de agua debido a la mezcla, la corriente ascendente, etc. Esto es obviamente más pronunciado en áreas de batimetría poco profunda.
3) Producción biológica local. Las flores de diatomeas y coccolitóforos se pueden ver desde el espacio, y también alteran en gran medida el color y la transparencia de las aguas, incluso de cerca. A continuación puedes ver un coccolito blanco que florece en Terranova, y lo que parece una flor de diatomea más verde en Nueva Escocia.
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