No me gusta comenzar muchas de mis respuestas como esta, pero … eso depende de lo que quieras decir con “sin BioPython”.
Si desea evitar específicamente BioPython por razones de dependencia, puede instalar una utilidad de alineación de línea de comandos (Clustal, Muscle, MAFFT, etc.) y usar la función subprocess.call () en python para ejecutar el programa (importe el subproceso módulo). Esto es realmente fácil en la mayoría de los entornos Linux o Mac (menos en Windows).
Si está hablando de evitar las dependencias por completo (es decir, implementar su propio algoritmo de alineación), eso será mucho más difícil. Incluso una estrategia de “alineación progresiva” mínimamente efectiva implica la construcción de un árbol guía (para decidir el orden de construcción de la alineación) y una estrategia de alineación de programación dinámica (algoritmo Needleman-Wunsch para construir alineaciones iniciales por pares, así como un algoritmo modificado para alinear “bloques” de secuencias). Incluso si logra eso, la alineación que obtiene puede ser significativamente peor que la producida por un algoritmo de refinamiento heurístico o iterativo (Músculo o MAFFT).
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