Cuando las personas hablan de la anisotropía del fondo cósmico de microondas que varía a solo 1 parte en 100,000, ¿están hablando de la densidad de la materia o la temperatura (velocidad molecular promedio)?

Se trata de la intensidad de la radiación.
Una vista alternativa: las radiaciones CMB son restos de fotones muertos irradiados desde muy lejos en el espacio. A medida que los fotones viajan más lejos, pierden su contenido de materia 3D y mueren al revertir todo su contenido de materia 3D en un entorno. El mecanismo en un medio universal que estaba moviendo núcleos de materia 3D de fotones tiene muchas similitudes con las ondas EM. Cuando el núcleo de materia 3D de un fotón se dispersa, su mecanismo de movimiento en medio universal continúa viajando y aparece como radiación CMB. Generalmente, el número de fotones radiados en cualquier dirección en el espacio es idéntico y, por lo tanto, deberíamos obtener una radiación CMB de igual intensidad desde cualquier dirección. Sin embargo, la presencia de grandes cuerpos macro, como agujeros negros, en cualquier parte del espacio acelera la dispersión del contenido de materia 3D del fotón irradiado desde su dirección. Por lo tanto, es probable que obtengamos una mayor intensidad de radiación CMB desde estas direcciones. ver: viXra.org e-Print archive, viXra: 1404.0056, CMB Radiation