¿Qué empresas están trabajando en modelos de plegamiento de proteínas, qué tan exitosas son, cuáles son algunas aplicaciones y cuánta potencia informática se requiere?

Las compañías más destacadas que trabajan en modelos de plegamiento de proteínas son FoldRX, Vitae y la “compañía” de DE Shaw. DE Shaw creó su propia computadora para plegar proteínas. El problema con plegar una proteína es menos poder de cómputo y más acerca de la precisión de los potenciales. Los potenciales físicos no funcionan muy bien, y los potenciales estadísticos se limitan solo a las proteínas que ya hemos visto. No conozco ninguna compañía que esté trabajando para mejorar esos potenciales, aunque ese es el principal obstáculo para los modelos de plegamiento de proteínas de novo. La pregunta, creo, es si las mejoras en la instrumentación harán que el plegamiento de proteínas de novo a través de modelos computacionales sea irrelevante, ya que tendremos resueltas todas las plantillas de proteínas y el problema se reducirá a variaciones de modelado alrededor de las estructuras existentes. La secuenciación es muy barata y la cristalografía de rayos X también está mejorando mucho. Creo que un conjunto de estructuras proteicas y el posterior modelado de mutaciones y cómo afectan la estructura es el camino probable hacia adelante.