El tema de la pregunta estaba mal, así que lo cambié. Debería ser paleontología, no arqueología. (Cómo distinguir a un arqueólogo de un paleontólogo). Hay un pequeño cruce, pero en realidad son campos distintos, y como la pregunta se refiere a los “animales”, claramente está haciendo una investigación paleontológica. La confusión de los dos no es un error trivial, es un error básico en la comprensión científica y el uso del lenguaje. No estoy regañando aquí, solo dejando las cosas claras por un error que a menudo se repite en los medios.
Los paleontólogos buscan y examinan fósiles, entre otros esfuerzos. El estudio de cómo se forman los fósiles se llama Tafonomía. Piense en ello como CSI que puede investigar muchos millones de años atrás no solo para descubrir cómo un animal probablemente murió, sino cómo se conservaron sus restos. 
La diagénesis significa la sustitución de minerales, el proceso que convierte el hueso en piedra y también transforma un tipo de roca sedimentaria en otra. Los fósiles no son huesos, son piedra mineralizada a partir de hueso. El hueso no dura mucho cuando se expone al medio ambiente, pero la piedra puede durar millones de años. Y el hueso enterrado sufrirá diagénesis, no se conservará como hueso.
Pocos huesos están sujetos a los procesos que conducen a la fosilización y posterior inclusión en el registro fósil, revelado finalmente al ojo explorador. Sin embargo, con el tiempo las piedras de hueso se acumulan, por así decirlo, y ciertas formaciones ricas en fósiles en lugares como el sur de Utah realmente son ricas en fósiles de dinosaurios que no son difíciles de encontrar en absoluto. 
La Formación Kaiparowits, Monumento Nacional Grand Staircase-Escalante. Desde Guest Post: excavaciones de dinosaurios en el Monumento Nacional Grand Staircase-Escalante, Utah, EE. UU.
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Pero volviendo a la pregunta original, ” ¿Por qué no encontramos esqueletos de animales en cada pala llena de tierra? ”
En el entorno adecuado, es probable que encuentre una concentración bastante alta de huesos de animales dispersos durante la descomposición, y tal vez incluso fragmentos de restos de animales en cada pala. Necesitarías una lente de mano para elegir la mayoría de ellas porque estarían en pedazos. Ninguno de los restos estaría destinado a convertirse en fósiles a menos que estuvieras cavando tus palas en una llanura de inundación frecuentemente inundada con flujos suaves, que pronto cubrieron los restos con nuevas capas, acumuladas durante millones de años y luego expuestas como acantilados rocosos.
Si estuviera buscando fósiles de conchas, en lugar de fósiles de huesos, en algunos lugares parecerían tan concentrados como las conchas depositadas recientemente arrastradas por las olas, pero de millones de años. 
de http://rockhoundblog.com/, fósiles de Topanga Canyon.
Por lo tanto, el registro de la vida se puede medir en paletas, desde el tiempo actual hasta mucho, muy en el pasado.
