Resulta ser aún más complicado que eso. La retina se usa para fabricar rodopsina. La mayoría de los eucariotas que tienen rodopsina la usan para la fototaxis (células que se mueven hacia la luz o lejos de ella) o la visión, pero hay un grupo de halobacterias, en Archaea, que usan bacteriorrodopsina para la fotosíntesis. He leído que el gen es diferente y que puede ser de origen independiente, pero no tengo detalles.
Pero no todos los eucariotas usan rodopsina para la fototaxis. Las Euglenas usan flavoproteínas, y las flavoproteínas en las plantas terrestres son los pigmentos responsables del fototropismo (que se inclina hacia la luz). Pero las algas verdes clorofíceas, mucho más relacionadas con las plantas que las euglenas, usan rodopsina.
La clorofila se encuentra en las eubacterias, y la clorofila eucariota proviene de las cianobacterias, algunas de las cuales se convirtieron en cloroplastos.
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Cualquier pigmento útil para la fotosíntesis debe tener electrones que se puedan lanzar a los orbitales superiores, que incluyen los tres, pero también un mecanismo para capturar los electrones de alta energía para crear un gradiente de protones. Esto es demostrablemente posible con clorofila y rodopsina (hay ejemplos de bichos que lo hacen), y quizás teóricamente posible con flavoproteínas.
Pero otra cosa que las cianobacterias tienen para ellos (y que los organismos fotosintéticos eucariotas heredados) es que pueden usar la energía de la fotosíntesis para fijar el CO2 como carbono orgánico. Lo hacen con un proceso de dos etapas, levantando un electrón y luego pateándolo más alto. Otras bacterias y arqueas solo pueden usar la luz para producir ATP (la molécula de energía de las células) directamente, lo que no es útil por la noche.
Por lo tanto, la respuesta probable es que el proceso de dos etapas posible con clorofila es más ampliamente útil que el proceso de una sola etapa de bacteriorrodopsina.
Agregado en base a un comentario: no hay evidencia de que la clorofila “se haya apoderado” de la rodopsina, porque no hay procariotas (que yo sepa) que tengan ambas, y las eucariotas que obtuvieron la clorofila como un cloroplasto endosimbiótico completamente funcional.
