Un motor de búsqueda tomará una base de datos y sus datos experimentales y generará una lista de péptidos y los valores p asociados con el péptido presente en la muestra (para ser precisos, la probabilidad de que la identificación sea incorrecta).
El mejor enfoque general es descargar la última versión de la base de datos Enseml (aquí hay un ejemplo para el mouse: ftp://ftp.ensembl.org/pub/releas…), y ejecutar MSGF + y Percolator en sus datos. Aquí uno de mis scripts que hace esto:
java -Xmx3500M -jar MSGFPlus.jar -s my_data.ms2 -o target.mzid -d Mus_musculus.GRCm38.74.pep.all.fa -t 2.5Da, 2.5Da -thread 8 -tda 0 -addFeatures 1
java -Xmx3500M -jar MSGFPlus.jar -s my_data.ms2 -o señuelo.mzid -d Mus_musculus.GRCm38.74.pep.all.reversed.fa -t 2.5Da, 2.5Da -thread 8 -tda 0 -addFeatures 1
msgf2pin -o pin.xml target.mzid señuelo.mzid
percolador pin.xml> pout.txt
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Ajustar y adaptar a voluntad. Pídale detalles a su supervisor.
Tenga en cuenta que MSGF + es el motor de búsqueda más avanzado y sensible que existe, y Percolator le dará valores estadísticos completamente precisos.
Referencia: http://onlinelibrary.wiley.com/d…
Divulgación completa: trabajé en su laboratorio durante un año.
