La eliminación de los promotores puede ser difícil, ya que esas regiones a menudo no están definidas y pueden tener decenas de kilobases de tamaño. Incluso si eliminó la caja TATA como ejemplo, todavía podría haber un sitio de inicio críptico en algún lugar. Los sitios de unión del factor de transcripción para la mayoría de los promotores no están definidos. Podría intentar algo similar a la idea de Brian y Anupam, pero si no tenía los datos, simplemente elimine la región de -1kb a +500 pb del genoma. En general, eso debería cubrir muchas de las señales de inicio esenciales para la transcripción, aunque no elimina todos los potenciadores y otros elementos del promotor.
Si no quieres proteínas, podría diseñar una estrategia para eliminar todos los exones y apuntar a los intrones a su alrededor. El ARNm todavía se realizará, pero no habrá una secuencia de codificación de su proteína en el interior y, por lo tanto, no habrá expresión de confusión de la proteína mutada o truncada.
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