Por definición, las reacciones químicas son una clase de fenómenos que involucran (no mucho más que) electrones de valencia. Las escalas de energía aquí están en el orden de electronvoltios (o fracciones de los mismos).
Para efectuar cambios en la estructura de un átomo en sí (con el cual, supongo, te refieres al núcleo), necesitas mucha más energía, órdenes de magnitud más. Por esta razón, le damos a este subcampo un nombre completamente diferente (física nuclear).
Las capas externas de electrones, aquellas que interactúan entre átomos cercanos, moléculas, etc., están, simplemente, unidas muy ligeramente en comparación con las fuerzas que mantienen unidos los núcleos. Antes de que cualquier cosa que involucre electrones de valencia pueda afectar el núcleo de otro átomo, los electrones de valencia desaparecerían hace mucho tiempo.
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En cierto sentido, es como preguntar si se puede hacer una radiografía con ondas de radio. Claro, ambos son ondas EM, pero las escalas de energía son completamente diferentes.
