¿Hay algo más en un átomo de sodio básico además de protones, electrones y neutrones?

Debes haber cometido un error de cálculo. La masa del átomo de sodio es en realidad menor que la masa de sus componentes. Esta diferencia es la energía de unión del núcleo de sodio. No hay partículas no virtuales en un átomo de sodio además de los electrones, neutrones y protones.

Calculemos la masa de sus componentes:

El sodio tiene una masa atómica relativa de 22.989769 u

Tiene solo un isótopo estable con número de masa 23. Por lo tanto, tiene una abundancia del 100%. Este isótopo tiene 11 protones y 12 neutrones. (Datos sobre masas de constantes físicas fundamentales de NIST)

Masa de protones [matemática] = 11 \ veces 1.007276u = 11.080036u [/ matemática]

Masa de neutrones [matemática] = 12 \ veces 1.008664u = 12.103968u [/ matemática]

Masa de electrones [matemática] = 11 \ veces .0005485u = 0.0060335u [/ matemática]

Sumando todo, obtenemos [matemáticas] 23.190038u [/ matemáticas]

Que es claramente más que la masa atómica del sodio, no menos como dijiste.

La masa atómica relativa de Na es 22,99. Pero cuando calculé la masa de un átomo de sodio agregando las masas de nuertrones, electrones y protones presentes en él, se redujo ligeramente, aproximadamente 0.07049 que su masa atómica relativa. ¿Es esta masa algún tipo de otra partícula subatómica presente en ella?

No. No hay nada más. Lo que me intriga es que la masa en realidad debería ser ligeramente más alta que la masa de todos los 11 protones, electrones y 12 neutrones combinados. Es menor debido a la energía de enlace que es la masa perdida debido al estado de energía más bajo que en la condición de nucleones aislados de acuerdo con la fórmula E = mc ^ 2.
Una posible razón por la cual la masa es menor podría ser porque no consideró todos los isótopos y la masa promedio debido a eso.

Está confundido entre las masas atómicas promedio y las masas atómicas reales. Las masas que usamos en la tabla periódica ahora en días son en realidad la masa atómica promedio que se calcula teniendo en cuenta todos los isótopos de ese elemento, por ejemplo, tome la masa del átomo de carbono, debería ser 12u pero es 12.0107 u ± 0.0008 u porque cuando se le hace una pregunta, nadie le dice qué isótopos de carbono se usan carbono 12 o carbono 14 para evitar esta confusión, se usan masas atómicas promedio en la vida diaria para que no haya efecto del cual se usan isótopos en reacción.