Debes haber cometido un error de cálculo. La masa del átomo de sodio es en realidad menor que la masa de sus componentes. Esta diferencia es la energía de unión del núcleo de sodio. No hay partículas no virtuales en un átomo de sodio además de los electrones, neutrones y protones.
Calculemos la masa de sus componentes:
El sodio tiene una masa atómica relativa de 22.989769 u
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Tiene solo un isótopo estable con número de masa 23. Por lo tanto, tiene una abundancia del 100%. Este isótopo tiene 11 protones y 12 neutrones. (Datos sobre masas de constantes físicas fundamentales de NIST)
Masa de protones [matemática] = 11 \ veces 1.007276u = 11.080036u [/ matemática]
Masa de neutrones [matemática] = 12 \ veces 1.008664u = 12.103968u [/ matemática]
Masa de electrones [matemática] = 11 \ veces .0005485u = 0.0060335u [/ matemática]
Sumando todo, obtenemos [matemáticas] 23.190038u [/ matemáticas]
Que es claramente más que la masa atómica del sodio, no menos como dijiste.