Argumentaré que estas ideas no son similares.
El éter, en la forma en que se propuso, era esencialmente un exceso de equipaje para la física. Es decir, la existencia de éter no resolvió ningún problema. La electrodinámica clásica no requería un medio para que las ondas em se propagaran; el éter se propuso por la única razón de que los físicos de esa época no se sentían cómodos con la idea de una onda que se propaga en el vacío. En otras palabras, el éter no habría sobrevivido a la navaja de afeitar de Occam. (Ether tuvo una predicción muy importante de que la velocidad de la luz será más en la dirección antiparellel al movimiento orbital de la tierra cuando se mide desde la tierra. Esto fue refutado por el experimento de Michelson-Morley. Pero una buena hipótesis debe resolver los problemas existentes y predecir nuevos resultados.)
La materia oscura, por otro lado, se propuso para explicar un gran desajuste entre las curvas de rotación galáctica predichas y observadas. (Ver la respuesta de Abhimanyu Susobhanan a ¿Es cierto que sabemos que la materia oscura existe solo por sus efectos gravitacionales?) Es imposible tener en cuenta la dinámica de las galaxias, los cúmulos de galaxias, etc. sin materia oscura.
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Es cierto que no sabemos de qué está hecha la materia oscura, ya que no teníamos idea de la composición del éter antes de que fuera refutado. Pero en mi opinión, la diferencia descrita en los párrafos anteriores es más fundamental que esta similitud. Esencialmente, el concepto de materia oscura es requerido por las observaciones, mientras que el éter no.
En la OMI, dos conceptos análogos a la materia oscura en la forma en que se propusieron son la existencia de neutrino (propuesto para explicar la conservación de la energía) y la existencia de Neptuno (propuesto para explicar las perturbaciones en la órbita de Urano).
