Una laguna de coral es en sí misma un biotopo (hábitat). Uno podría extraer los arrecifes de parche que pueden ocurrir dentro de la laguna como un hábitat separado, pero a menudo las especies son similares o idénticas a las de la ladera interior de la laguna. Los canales que atraviesan la laguna circundante pueden albergar un complemento diferente de organismos que pueden manejar o preferir las corrientes de marea potencialmente fuertes.
En el Caribe, el coral Elkhorn ( Acropora palmata ), aunque no necesariamente se limita a las lagunas, es famoso principalmente por haber casi desaparecido desde la década de 1960 gracias a las enfermedades, la contaminación y los efectos del cambio climático.
En el Pacífico, los naufragios de Chuuk (Truk) Lagoon albergan conjuntos notables de corales duros y blandos en la flota hundida de la Segunda Guerra Mundial de la armada japonesa.
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La isla Clipperton es la laguna coralina más oriental del Pacífico y tiene una de las diversidades coralinas más bajas de cualquier laguna.
