En realidad, a veces las personas hacen exactamente esto. Algunas palabras clave para buscar aquí son wavelet de Haar y la transformación Wavelet.
Matemáticamente hablando, el seno y el coseno se distinguen porque son funciones propias (http://en.wikipedia.org/wiki/Eig…) del operador de Laplace. Escribir funciones en términos de senos y cosenos significa trabajar en una base (http://en.wikipedia.org/wiki/Lin…, http://en.wikipedia.org/wiki/Ort…) en relación con la cual el laplaciano es diagonalizable (http://en.wikipedia.org/wiki/Dia…).
La diagonalización del laplaciano tiene varias ventajas técnicas y conceptuales cuando se estudian ecuaciones diferenciales (http://en.wikipedia.org/wiki/Dif…) relacionadas con el laplaciano, como la ecuación de onda o la ecuación de calor (la motivación original de Fourier para introducir Fourier serie).
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En el contexto de una noción general de la transformada de Fourier (es decir, la dualidad de Pontryagin), no se distinguen el seno y el coseno sino exponenciales complejos (http://en.wikipedia.org/wiki/Eul…), y esto se debe a que son funciones propias de la traducción.