Diría que debe realizar RNA-Seq para miRNA en diferentes condiciones con estrés y restricciones de tiempo como factor y luego tratar de evaluar las diferencias. Puede echar un vistazo a los enlaces a continuación para tener una idea de lo que se está utilizando ampliamente en estos días.
El puño será la historia de los miARN y su respuesta al estrés salino
http: // archivo: ///Users/vdas/Downloads/9781461461074-c1.pdf
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Hay un blog muy agradable para plantear sus consultas, en particular sobre el diseño experimental y el enfoque, y obtener aportes y comentarios si está en algún momento
análisis de datos de secuenciación de microARN
Luego puedo sugerir dos artículos sobre métodos y herramientas computacionales para la predicción y disección de objetivos de miRNA. Estoy seguro de que si los revisa, le resultará más claro qué método elegir y luego reducirá su enfoque de arriba hacia abajo para el análisis.
Herramientas bioinformáticas para disección de microARN
Métodos computacionales para la predicción de microRNA Target
