El mayor problema es que existen muchos métodos diferentes para construir árboles. Los árboles a menudo están altamente correlacionados. Pero a veces pueden tener resultados e interpretaciones extremadamente diferentes, porque los métodos responden preguntas muy diferentes. Entonces, como cualquier herramienta de análisis, están bastante bien si los usa correctamente (seleccione la herramienta / prueba correcta, comprenda las suposiciones y considere la precisión / error / variación). Entonces, las limitaciones más consistentes es que un árbol no puede interpretar todas las preguntas que tiene. Por otro lado, teóricamente hay un árbol específico para cada pregunta que tenga.
- Los métodos de árbol filogenético más comunes basados en la genética no son genealogías (no están construidas para ancestros y pedigríes), aunque generalmente se interpretan de esa manera. Son similitudes o algoritmos de agrupamiento, que son útiles para una instantánea del estado actual en el tiempo. Existen otros métodos para estimar las genealogías que retroceden, pero son mucho menos comunes y más intensivos computacionalmente, por ejemplo, la teoría coalescente. El cómputo adicional ocurre porque la migración, la recombinación, el apareamiento, el tamaño de la población y la selección pueden considerarse e integrarse en el modelado.
- Rootear el árbol es útil pero sesgado y / o arbitrario.
- Las longitudes pueden ser engañosas y hay muchas formas de calcularlas.
- Se debe mostrar alguna forma de “varianza” / error (por ejemplo, valores de arranque). A menudo no se muestran.
- A menudo puede construir árboles muy diferentes pero válidos basados en los mismos datos.
- Dependiendo de cómo se muestren, pueden malinterpretarse fácilmente. Esto se remonta al punto principal de que son genealogías. La forma más común de hacer esto es usar el mismo árbol, pero cambiar el orden lineal de los extremos o nodos para representar una conclusión deseada.
- La mayoría de los árboles no pueden mostrar transferencia horizontal o recombinación. Se basan en una estructura de árbol binario.
Ideas intuitivas y conceptos erróneos sobre los árboles evolutivos.
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