Las diferencias de las imágenes SEM y TEM:
1. Resolución: TEM tiene una resolución mucho más alta que SEM. El sistema TEM actual puede inspeccionar en el nivel del átomo, que está en el rango de 1 nm o menos. Pero la resolución de SEM es de decenas de nm para materiales comunes.
2. Información obtenida de la muestra: TEM puede mostrar muchas características de la muestra, como morfología, cristalización, estrés o incluso dominios magnéticos (holografía). Pero el SEM común solo puede mostrar la morfología de las muestras.
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3. Preparación de la muestra: la preparación de la muestra de SEM es mucho más simple. Muchos materiales se pueden dirigir cargados en SEM para su inspección. Algunos materiales aislantes necesitan un recubrimiento adicional, que simplemente se puede hacer con PVD. Pero la muestra TEM debe diluirse a un grosor de 100 nm o menos. El proceso de adelgazamiento lleva mucho tiempo. Se puede hacer mediante pulido mecánico, que lleva un día o unos días para preparar una muestra. Alternativamente, puede hacerse mediante un sistema de haz de iones enfocado (FIB) en una resolución más alta. Pero el costo de un sistema FIB es incluso más alto que el de un SEM.
4. Costo de la máquina: el costo de TEM es mucho mayor que SEM (dos o tres veces mayor)
5. Efecto sobre la salud: debido a la existencia de un haz de electrones de muy alta energía, el TEM tiene un efecto más perjudicial para la salud humana.