La biología evolutiva se está volviendo cada vez más importante para los conservacionistas a medida que somos más conscientes de que la biodiversidad no se trata solo de conservar “especies” sino también de conservar la diversidad genética que la acompaña. Estamos viendo más ejemplos de biodiversidad que se caracterizan no solo como número / abundancia de especies, sino también a nivel de diversidad genética dentro de las poblaciones. En general, se considera que las poblaciones genéticamente diversas están en mejor forma evolutiva que aquellas con menor diversidad. La suposición que acompaña a esto es que la diversidad genética equivale a una mayor capacidad de adaptación al cambio.
Una imagen de la “Diversidad oculta en las sardinas” que muestra la diversidad genética en tres genes de dos especies de sardinas. Los números entre los grupos azul y amarillo indican cuántos cambios genéticos existen entre los dos, mientras que dentro de los grupos de colores los puntos muestran diferencias entre las muestras (puntos pequeños) o los grupos (puntos más grandes).
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Más directamente, el uso creciente de la genética ha revelado un número notable de “especies crípticas”. El descubrimiento de una (o varias) especies crípticas cambia nuestra comprensión de la biodiversidad de un área, pero señala que el manejo de esa diversidad se vuelve más crítico. Por ejemplo, muchas especies de animales de amplio alcance ahora se reconocen como grupos de especies o subespecies que están restringidas a rangos geográficos más pequeños (ejemplo: Diversidad oculta en sardinas). El manejo de la explotación o conservación de grupos de especies que ahora se sabe que están geográficamente restringidas requiere un enfoque diferente al manejo de una sola especie extendida. En algunos casos, esto funciona de otra manera: al reducir el número de especies que se dividieron finamente en el pasado (ejemplo: el análisis genético ayuda a separar las especies de peces picudos) En cualquier caso, saber exactamente con cuántas especies se trata realmente y cuán diversos son son extremadamente importantes para ser efectivos en el manejo de su conservación.