Yo diría que habrá muchas y significativas diferencias. Los trilobites se han extinguido durante tanto tiempo, creo que sería difícil encontrar algo que no sea superficial.
De un vistazo, el Telson está ausente en los trilobites, los cangrejos herradura tienen muchas menos patas y los trilobites tienen más segmentos.
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Hay razones para creer que comparten una serie de rasgos. Los clasificamos como artrópodos (mire lo anterior y un cangrejo o insecto y hay similitudes morfológicas), pero no solo los trilobites están extintos, sino que carecemos de fósiles intermedios entre los primeros trilobites y otros artrópodos. Básicamente tenemos características externas fosilizadas sin buenos intermedios. Definitivamente, cualquier rasgo de Artrópodos (invertebrados con un exoesqueleto y apéndices articulados) es lo que decimos que tienen en común.
Suponiendo que los clasificamos adecuadamente, lo que está haciendo algunas suposiciones, los cangrejos herradura y los trilobites están relacionados a nivel de filo de Artrópodos, junto con una amplia variedad de organismos dispares. El siguiente es un árbol filogenético de artrópodos basado en la secuenciación del ADN, no en la morfología, por lo que no se incluyen los trilobites.
Supongo que los trilobites están bastante cerca de la base del árbol Arthopoda (creo que los primeros trilobites conocidos datan de hace 700 millones de años y existían simultáneamente con los primeros cangrejos herradura hace 450 millones de años), pero no sé donde los pusimos en el árbol, creo que han sido reclasificados un par de veces.
Aquí hay uno que incluye ambos y, como es de esperar de la información provista, están solos.
Solo para comparar, aquí hay un árbol de nivel de phylum de nuestro phylum chordata:
