Si estamos diciendo que un vacío no contiene materia, usted es incorrecto. El espacio entre la nube de electrones y el núcleo no tiene ninguna materia entre ellos, la mayoría de las veces. Ocasionalmente puede haber partículas, pero eso nunca duraría lo suficiente como para contarlas. Si decimos que el vacío está completamente vacío, está en lo correcto. El vacío no contiene partículas pero sí contiene energía. El espacio entre la nube de electrones y el núcleo está dominado por la fuerza electromagnética. Esto mantiene unidos los electrones y el núcleo, pero evita que colapsen o salgan en espiral.
Tienes toda la razón, un verdadero vacío no existe porque siempre habrá un campo cuántico allí que se convierte en partículas cuando se sale, de todos modos, de acuerdo con el campo cuántico. Esta es la teoría detrás del bosón de Higgs y es muy importante. Pero, si un vacío se define como que no contiene materia, como normalmente es, un átomo está hecho de 99.99% de nada.
Cuando dice que si un átomo es 99.99% nada y el universo apenas existe, debe recordar que hay tantos átomos (donde hay materia), que 0.01% es bastante. También hay materia oscura y energía oscura para llenar el 95% del universo.
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Disculpas si esto está mal redactado, escribí esto con un dolor de cabeza en mi teléfono. Siéntase libre de dejar ediciones.