No haría ninguna diferencia. El punto es que tienen carga opuesta, y las cargas opuestas se atraen entre sí. También se cancelan entre sí, como en un átomo con carga neutra.
Que llamemos a la carga en un electrón negativo es puramente una cuestión de convención histórica. Podríamos haberlo llamado positivo, y luego el protón habría sido negativo. Todos podríamos estar de acuerdo en convertir a esta convención e invertir la carga en cada partícula cargada, pero esto probablemente produciría demasiada confusión. La regla de la mano izquierda y derecha para la fuerza magnética en un elemento de corriente, y la dirección de la corriente inducida debido al movimiento de un imán cerca de un circuito conductor, tendrían que invertirse. Teniendo en cuenta que el telescopio Hubble multimillonario se construyó incorrectamente debido a una simple confusión sobre las unidades de longitud que se utilizan, probablemente sea mejor dejar las cosas como están.
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