Es un pico producido por una molécula que ha sido ionizada. Todos los espectrómetros de masas separan los iones en función de su relación de masa a carga, y las moléculas se pueden ionizar y analizar como los átomos. Si desea o no iones moleculares depende del tipo de análisis de espectrometría de masas que esté haciendo y qué tipo de fuente de ionización utilice su instrumento. Los iones moleculares pueden ser buenos o malos.
Por ejemplo, cuando estoy tratando de medir la concentración de hierro de una muestra por ICP-MS, hay una interferencia de iones moleculares en la masa 56 causada por ArO + (un ión molecular con masa 56) que se crea inadvertidamente por la fuente de iones de plasma e interfiere con el isótopo más abundante de hierro Fe-56. Entonces, tengo que elegir otro isótopo de hierro para medir que no tenga interferencia porque ese pico de iones moleculares interfiere con mis mediciones de Fe, o medir el hierro por un método completamente diferente.
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