No se parecen, una vez que sabes qué buscar.
Las moscas domésticas (Muscidae) (¿son invasivas? Están en todas partes de la tierra en este momento) tienden a ser más grandes (generalmente más de un centímetro), negras o grises o metálicas, y a menudo con cuatro rayas en el tórax por encima de las alas (como opuesto a tres rayas, que es una mosca de carne). 
Las moscas de la fruta (Drosophilidae … o Tephritidae … depende de con quién estés hablando) son mucho más pequeñas, generalmente menos de un centímetro, beige o tostado, y sin rayas, excepto tal vez en su abdomen. También podrían tener alas estampadas. 
Una vez que los veas, la diferencia será clara.
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