Para diferentes proyectos, recomiendo a mis alumnos diferentes medios, a veces varios medios para el mismo proyecto. Para colaborar en hojas de cálculo grandes y bosquejos de papel muy tempranos, definitivamente Google Docs / Drive (incluidas hojas de cálculo). Es WYSIWYG, muy eficaz para la colaboración y la edición simultánea (sin check-ins y reconciliaciones, notas, chat, etc.), exportaciones a Word y PDF, accesibles desde teléfonos inteligentes, etc. Al trabajar en documentos LaTeX, copiamos de Google Documentos en WriteLatex: es genial (mejor que sharelatex y authorea), pero no es muy conveniente desde un teléfono inteligente.
Para que el texto y las fórmulas ligeras se compartan y editen sin un objetivo / fecha límite particular (solo para acumular conocimiento), MediaWiki es excelente: la reticulación es fácil, la edición en colaboración no es WYSIWYG pero es razonablemente fácil, puede incluir imágenes, vincular PDF archivos (con las fórmulas que desee) y cualquier otro archivo (scripts, datos, etc.).
Para los datos producidos automáticamente a partir de simulaciones (que se ejecutan en Linux), escribimos scripts que
a) producir tablas HTML (y resaltar datos que requieren atención),
b) producir scripts de gnuplot y llamar a gnuplot para producir imágenes
c) enlace todo a una página de salto en HTML (donde cada nueva página de datos está marcada con hora y fecha, y una breve descripción).
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Espero que esto ayude.