HW se refiere a las frecuencias de genotipo en función de las frecuencias de alelos bajo el supuesto de apareamiento aleatorio (esencialmente, que los genotipos en cuestión no afectan la elección de pareja). Las frecuencias están estrictamente determinadas por las frecuencias de alelos alternativos en el locus (o loci) bajo consideración.
Una mutación en el sistema agrega un nuevo alelo al sistema (o si es una mutación recurrente, cambia la frecuencia de los alelos existentes). Si el apareamiento todavía es aleatorio (sin tener en cuenta los genotipos de los compañeros en el lugar en cuestión), en la próxima generación todavía puede haber equilibrio HW, pero ahora se incluyen genotipos que contienen el nuevo alelo mutante.
La única diferencia con esto sería si la mutación afectara un rasgo causado por el locus y eso afecta la elección de pareja. Piénselo de esta manera: cada alelo en la población actual fue una vez un nuevo mutante.
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El equilibrio HW solo significa que, estadísticamente, los compañeros se eligen sin tener en cuenta su genotipo en el locus en consideración.
