¿Se pueden usar los “bloques congelados polimórficos” dentro del complejo principal de histocompatibilidad para rastrear linajes maternos / paternos (de forma similar a cómo se usan el ADNmt y el ADN-Y)?

Más que su gen promedio, pero menos que el ADNmt y el ADN-Y.

El ADNmt y el ADN-Y se usan ampliamente para rastrear el linaje porque tienen muy poca variación de generación en generación. Si tiene una secuencia de ADNmt casi exacta como alguien que encuentra al otro lado del mundo, puede decir con certeza que sus linajes maternos convergen en un pasado no muy lejano (“distante” en una escala de tiempo evolutiva). Lo mismo para el ADN Y pero con la línea paterna.

El mecanismo para esta reducción en la variación es relativamente sencillo en ambos casos: el ADNmt está totalmente aislado del ADN paterno en el mitoncondrio, mientras que el cromosoma Y simplemente tiene muy poca secuencia análoga con la cual “cruzarse”. Sin embargo, ambos conjuntos de ADN siguen siendo vulnerables a la mutación aleatoria, y el cromosoma Y también realiza un cruce (muy) limitado, lo que significa que ninguno mantendrá una fidelidad perfecta con el tiempo.

La utilidad de las secuencias de baja variación para rastrear el linaje es bastante sencilla. Tome los dos extremos en el transcurso de una sola generación: digamos que tiene un hijo con dos secuencias, una de alta variación y otra de baja variación, y está tratando de determinar de cuál de los dos padres es hijo:

Gen de alta variación infantil: TCGGAGTCGA
Gen de baja variación infantil: AGCAAAAACC

Gen A de alta variación de los padres: CATAGGCCCA
Gen padre de baja variación: TTCCGGAGAC

Gen de alta variación parental B: AGTATAGCGG
Gen B de baja variación original: AGCAAAATCC

Por la inspección queda bastante claro que el niño misterioso es una progenie del Padre B, que ha heredado la copia genética de baja variación. También es bastante claro a partir de este simple experimento mental que, a medida que aumenta la variación de generación en generación, disminuye la utilidad para el linaje de rastreo.

Para rodear esta respuesta a su pregunta original, notaré que el ADNmt y el ADN-Y son simplemente las dos mejores secuencias que tenemos para identificar haplogrupos o regiones de ADN de individuos separados que pueden rastrearse hasta un solo evento de mutación. Los bloques congelados polimórficos varían más que el ADNmt / ADN-Y pero menos que su gen promedio, colocándolos entre esos dos puntos de referencia en términos de utilidad para la identificación de haplogrupos y, por lo tanto, el rastreo de linaje.

Creo que sí, estás en algo. La recombinación se inhibe, haciendo que estas regiones estén más conservadas de generación en generación. Esto lo convierte en un buen marcador filogenético. Solo asegúrese de saber cuál de los dos conjuntos de cromosomas (del padre y la madre) está viendo. Combine las comparaciones de secuencias con otras filogenéticas mitocondriales y de ADN Y en un ejemplo del mundo real para demostrar su punto estadísticamente.

Las mutaciones ocurren incluso en regiones conservadas, por lo que será prudente al realizar la filogenética computacional para realizar un seguimiento de las tasas de inserción / eliminación / sustitución.