Nunca, si por religión te refieres a “creer en dioses” en lugar de “instituciones sociales organizadas a gran escala”, la primera de las cuales parece ser el caso de los detalles de la pregunta.
La tendencia a atribuir eventos a la intención consciente, haya habido o no alguna intención en la realidad, está demasiado arraigada en nuestros cerebros como animales sociales.
La ciencia podría señalar el camino para eliminar esa tendencia a través de la ingeniería genética u otras terapias, pero en ese momento es la tecnología o la medicina la que elimina la religión, no la ciencia per se, y ciertamente no será un proceso de iluminación intelectual como lo implica la pregunta. Detalles aquí.
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Dicho esto, puede ser el caso de que el concepto de “dioses” continuará siendo más abstracto con el tiempo a medida que los eventos previamente atribuidos a ellos se entiendan bien como procesos puramente físicos. La mayoría de nosotros ya no atribuimos terremotos o inundaciones a deidades enojadas porque se conocen sus mecanismos. Las brechas continuarán disminuyendo, exprimiendo a los dioses, pero siempre habrá mucho espacio en el ámbito de la metafísica.