¿Qué revistas de acceso abierto no se depositan en PubMed Central? Particularmente en las ciencias?

¿Te refieres a PubMed Central (PMC) o PubMed? El primero es un repositorio de acceso libre de texto completo, el último es un índice abstracto.

Los artículos entran en PubMed mediante su inclusión en Medline o PMC. Medline acepta revistas de investigación biomédica y de atención médica que cumplen con ciertos estándares:
http://www.nlm.nih.gov/pubs/fact…

Para ver artículos con texto completo gratuito vinculado a PubMed, consulte http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubm…

No pude encontrar una manera fácil de encontrar de qué revistas provienen, o restringir el contenido con licencia de OA (las entradas de la revista NLM no tienen en cuenta la licencia de la revista o la política de acceso), pero puede descargar los resultados de esa búsqueda.

PMC acepta revistas para la deposición basadas en estándares similares a Medline: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/….

Los autores también pueden depositar artículos individualmente: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/…. Si la revista no está indexada de otra manera en PubMed, solo los artículos de PMC depositados por el autor aparecerán en una búsqueda de PubMed.

PMC tiene 3 millones de artículos de 2392 revistas, no todas ellas revistas de AA o cubiertas por completo:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/…

El subconjunto de acceso abierto de PMC son las revistas con licencias OA completas:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/…

Muchas publicaciones nuevas o publicaciones principalmente fuera de biomedicina / salud no se incluirán en PubMed o PMC. Algunas revistas también fallarán en los otros criterios de inclusión, por ejemplo, volumen de publicación insuficiente, falta de evidencia de revisión por pares.

Como comparación con PubMed o PMC, hay más de 10,000 publicaciones en el Directorio de publicaciones de acceso abierto (DOAJ):
https://doaj.org

Thomson Reuters rastrea solo 726 revistas OA, que incluirán revistas más establecidas y acreditadas:
http: //science.thomsonreuters.co…

Esa información debería ayudarlo a encontrar lo que desea.