Esto realmente depende de qué característica estés mirando. Si se trata de rasgos morfológicos simples como la altura, el peso, el color, el tamaño y la forma de los apéndices, etc., los mejores ejemplos que puedo darle son las radiaciones adaptativas. Las radiaciones adaptativas se producen cuando un organismo se encuentra con un entorno por primera vez y se diversifica rápidamente en muchas especies nuevas, cada una de las cuales ocupa un nicho particular en el entorno. Esto se puede ver con los pinzones de Darwin en las Galápagos, donde sus formas y tamaños de pico han evolucionado para correlacionarse claramente con los tipos de alimentos que comen y dónde viven. Sabemos que las especies están muy relacionadas entre sí por los datos de ADN, y podemos decir que han divergido más ampliamente en la morfología de lo que cabría esperar por casualidad durante el mismo período de tiempo. La correlación altamente significativa entre la comida y la forma del pico también hace que sea muy improbable que esto sea solo casualidad, y apunta a la evolución adaptativa como la causa principal.
El mejor ejemplo son las radiaciones adaptativas repetidas, como con los lagartos anolis del Caribe. Estos lagartos han sufrido radiaciones adaptativas secuenciales mientras viajaban de isla en isla, pero han convergido en morfologías de aspecto muy similar en cada isla. Cada especie de lagarto en una isla está más estrechamente relacionada entre sí que los lagartos en otras islas, pero solo mirando sus rasgos físicos, hay media docena de formas principales de lagarto que se encuentran en todas las islas. Esto sugiere que la evolución adaptativa converge en las mismas características una y otra vez, ya que esto es básicamente imposible de suceder por procesos no adaptativos.
Si observa los cambios en el ADN como sus características, es mucho más fácil obtener evidencia de la evolución adaptativa. Hay muchas personas (de las cuales el grupo de Richard Lenski es el más famoso) que han desarrollado microbios en el laboratorio. Podemos secuenciar los cambios de ADN que ocurren en estos microbios y probar cuánto mejor crecen en su entorno que los antepasados sin esos cambios. Esto nos permite estimar cuantitativamente el efecto beneficioso de los eventos mutacionales individuales cuando todo lo demás se mantiene constante. Weinreich et al 2006 (Science) también tienen una extensión muy interesante de esto que vale la pena ver.
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